Een cytopenie is een tekort aan een bepaald bloedceltype. Vaak is een cytopenie het gevolg van een vorm van kanker, of het gebruik van een medicijn (bijvoorbeeld bij chemotherapie).
Wanneer er een tekort bestaat aan alle bloedceltypen noemt men dit een pancytopenie.
Bij een cytopenie kan zowel de aanmaak als de afbraak van het betreffende celtype zijn verstoord.