DNA methyltransferase is een familie van enzymen die nauw betrokken is bij het uitzetten (silencing) van genen binnen het genoom van eukaryoten. DNA methyltransferase kan zich binden aan zogenoemde CpG-eilanden (delen van het DNA met veel opeenvolgende cytosines en guanines), die zich meestal stroomopwaarts van genen bevinden. Het cytosine kan gemethyleerd worden door DNA-methyltransferase in 5-methylcytosine. De gemethyleerde CpG-eilanden kunnen op hun beurt herkend worden door het enzym histon-acetyltransferase (HATs).