Defragmentatie is het optimaliseren van de ordening van gegevens op een harde schijf van een computer. Bepaalde bestandssystemen, zoals FAT16, neigen ertoe de bestanden in steeds kleinere stukjes verspreid over de harde schijf op te slaan. Andere bestandssystemen hebben intelligentere algoritmen. Het MS-DOS-besturingssysteem, dat FAT16 gebruikt, kon pas vanaf versie 6.0 zelf defragmenteren. Voordien waren er al externe programma's, zoals PCtools waarmee MS-DOS-schijven gedefragmenteerd konden worden.