Gescheiden onderwijs is meestal een aanduiding voor het inrichten van onderwijs zo dat jongens en meisjes in aparte scholen of klassen les krijgen (seksesegregatie). Er is dan sprake van jongensscholen en meisjesscholen, of van scholen met aparte jongensklassen en meisjesklassen. De term kan ook verwijzen naar het gescheiden lesgeven aan verschillende etnische groepen. De tegenhanger van gescheiden onderwijs wordt gemengd onderwijs genoemd.