Habitatfragmentatie of -versnippering is het proces waarbij de oorspronkelijke habitat van een organisme wordt opgedeeld in kleinere gebieden (fragmentatie). Het is een belangrijk begrip in de ecologie en evolutiebiologie. Habitatfragmentatie kan worden veroorzaakt door geologische processen die geleidelijk de fysieke omgeving van het organisme veranderen of door menselijke activiteiten, zoals veranderingen in landgebruik, die op een veel kortere tijdschaal optreden. De geologische verandering wordt gezien als een belangrijke factor in de soortvorming in de evolutie, terwijl de menselijke ingrepen het uitsterven van veel soorten heeft veroorzaakt. Het terugdraaien van habitatfragmentatie staat bekend als ontsnippering.