De haven van Koper is de enige zeehaven van Slovenië. In 2008 had de haven een overslag van 16 miljoen ton. De haven is eigendom van en wordt beheerd door het havenbedrijf Luka Koper.
Door de verbinding met de Adriatische zee en zijn ligging is de haven van Koper belangrijk voor zowel Midden- als Oost-Europa. Koper is gelegen op slechts 11 km van het meer bekende Triëst in Italië.