Johannes Gijsius (Oostende, rond 1583 - Streefkerk, 1652) was een Nederlandse geschiedschrijver die vooral bekend werd door de uitgave van het boek Oorsprong en voortgang der Nederlandsche Beroerten ende Ellendigheden, waarin de wreedheden beschreven worden die onder het bewind van Filips II werden uitgevoerd tijdens de bezetting van de Nederlanden door de Spanjaarden.