Klonale deletie (Engels: clonal deletion) verwijst, in de immunologie, naar het wegselecteren van T-lymfocyten en B-lymfocyten die reactief zijn tegen het eigen lichaam.[1] Tijdens de ontwikkeling van T-cellen en B-cellen, ontstaan er antigeenreceptoren die kunnen binden aan de lichaamseigen bestanddelen (de auto-antigenen). Zo'n specificiteit tegen het eigen lichaam is ongewenst en zelfs gevaarlijk, omdat het aanleiding kan geven tot een auto-immuunziekte. Zelfreactieve lymfocyten worden in de centrale lymfoïde organen (het beenmerg en de thymus) weggeselecteerd via apoptose. Omdat er sprake is van verwijdering van ongewenste immuuncellen, wordt het proces ook wel negatieve selectie genoemd.[1] Klonale deletie is een principieel centraal tolerantiemechanisme.[2][3]