Pier 39 is een winkelgebied en toeristische attractie gebouwd op een pier in San Francisco in de Amerikaanse staat Californië. Er zijn verschillende winkels, restaurants, een arcadehal, straatmuzikanten en straattheater, een informatiecentrum van het Marine Mammal Center, het Aquarium of the Bay en een draaimolen met twee verdiepingen. Pier 39 is bovendien bekend om zijn kolonie Californische zeeleeuwen. Door de familiegerichte ontspanningsmogelijkheden en de aanwezigheid van de zeeleeuwen is Pier 39 een van San Francisco's belangrijkste toeristische bestemmingen.
De pier bevindt zich in het oosten van het Fisherman's Wharf-gebied en ligt dicht bij de wijken North Beach, Chinatown en de Embarcadero. Vanop de pier zijn Angel Island en Alcatraz goed te zien, alsook de Golden Gate Bridge. Pier 39 is gemakkelijk bereikbaar met de historische F Market-tramlijn.
Pier 39 werd ontwikkeld door de ondernemer Warren Simmons. De pier werd voor het publiek geopend op 4 oktober 1978.