De primaire eiwitstructuur is de lineaire sequentie van aminozuren in een eiwit of peptide.[1] De primaire structuur van een eiwit is opgebouwd uit een onvertakte keten die begint bij de N-terminus (het uiteinde met de aminogroep), en eindigt bij de C-terminus (het uiteinde met de carboxygroep). Tijdens de eiwitsynthese worden vrije aminozuren op deze wijze in een specifieke volgorde aan elkaar verbonden. Deze volgorde noemt men ook wel de aminozuursequentie. De primaire structuur is uiteindelijk verantwoordelijk voor de eigenschappen van het eiwit en bevat de informatie die bepaalt hoe het eiwitmolecuul zich ruimtelijk kan opvouwen.[2]
Moleculen die uit aminozuren bestaan en onderling verbonden zijn door peptidebindingen, worden peptiden genoemd. Gaat het om minder dan twintig aminozuren, dan spreekt men van oligopeptiden. Als een molecuul uit twintig tot honderd aminozuren is opgebouwd, noemt men het molecuul een polypeptide.[2] In biologische systemen worden polypeptiden aangemaakt in ribosomen (translatie). De primaire eiwitstructuur kan vastgesteld worden door middel van eiwitsequencing, of afgeleid worden uit DNA-sequenties.