De Superettan 2016 was het zeventiende seizoen in de op een na hoogste Zweedse voetbaldivisie, die werd opgericht in 2000. Het seizoen begon op 2 april en eindigde op 5 november 2016.
IK Sirius eindigde op de eerste plaats en keerde samen met de nummer twee, AFC United, terug in de hoogste afdeling van het Zweedse voetbal, de Allsvenskan.
Topscorer werd Shkodran Maholi van Åtvidabergs FF met 15 goals. In de 240 gespeelde wedstrijden in de reguliere competitie werd in totaal 625 keer gescoord, goed voor een gemiddelde van 2,60 doelpunt per wedstrijd.