Een supersecundaire structuur is een compacte driedimensionale eiwitstructuur van enkele aangrenzende elementen met een secundaire structuur, dat kleiner is dan een eiwitmotief of een eiwitsubeenheid. Een supersecundaire structuur kan werken als een nucleatie bij het vouwen van het eiwit. Voorbeelden zijn β-haarspelden, α-helixhaarspelden en β-α-β motieven.