Vegetatiekartering is het in kaart brengen van de vegetatie (in het algemeen: plantengemeenschappen) van bepaald gebied. Evenals bij bodemkartering is het praktische doel van vegetatiekartering een milieukartering. Op basis van een vegetatiekaart kan men van het gekarteerde gebied de belangrijkste bepalende milieufactoren en de geschiktheid voor verschillende functies vaststellen.
Vegetatiekartering richt zich gewoonlijk op vegetaties van zaadplanten, maar soms worden ook andere groepen betrokken bij de kartering, zoals mossen en korstmossen. Bij de karteringen eind vijftiger en in de zeventiger jaren van de epifytenwoestijn in Nederlands (door het verdwijnen van epifyten rond steden en industrieterreinen als gevolg van de luchtvervuiling, vooral door SO2) werden epifytische korstmossen en mossen betrokken.
De fauna in bepaald gebied hangt sterk samen met de aanwezige vegetatie: de vegetatiestructuur, gelaagdheid, vegetatiepatronen, seizoenaspecten. De vegetatie biedt onder andere broed- en foerageergebied en beschutting voor dieren.