De vlag van Bergen is niet officieel vastgesteld. De Noord-Hollandse gemeente en het dorp Bergen kent verschillende vlaggen. De gemeente hanteert sinds 2001 een logovlag die het gemeentelogo toont. Logovlaggen worden niet opgenomen in het vlaggenregister van de Hoge Raad van Adel omdat ze zich niet aan de regels van de vlaggenleer houden. Deze vlaggen vertegenwoordigen meestal enkel de gemeentelijke organisatie, en niet de burgers of het grondgebied. Voor 2001 zou de gemeente een gele vlag met rode leeuw gebruikt hebben. Ook deze vlag kende weinig populariteit.
Het dorp Bergen kent een eigen dorpsvlag of volksvlag, die afgeleid is van het oude wapen van Bergen. Deze rode vlag met een witte diagonaal en 6 merels ziet men vaker aan de huizen hangen. Ook van het huidige gemeentewapen is een volksvlag afgeleid om de gemeente te vertegenwoordigen.