De vlag van Brouwershaven werd op 30 mei 1988 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de Zeeuwse gemeente Brouwershaven. De beschrijving luidt:
Blauw met een rood broektopkwartier en over alles heen reikend een grote gele ruit.
De ruit op de vlag is ontleend aan het gemeentewapen; de kleuren rood en geel eveneens. De kleur blauw is ontleend aan de gemeentewapens van de gemeenten die in 1961 in Brouwershaven zijn opgegaan: Dreischor, Noordgouwe en Zonnemaire. Deze wapens hadden blauw als voornaamste kleur.
In 1997 ging de gemeente op in Schouwen-Duiveland, waardoor de vlag als gemeentevlag kwam te vervallen.