(1986-2000)
De vlag van Eemszijlvest is op 31 oktober 1986 vastgesteld als de vlag van het waterschap Eemszijlvest. De vlag kan als volgt worden beschreven:
Een witte broeking met bovenaan een rode gekroonde harpij en onderaan een rode Romaanse kruiskerk met vier torens, en aan de vlucht zeven golvende banen van groen en wit.
Het ontwerp van de vlag is van de hand van J.A. de Boo. De vlag is afgeleid op het wapen.
Vanaf 2000 is de vlag niet langer als de vlag van deze waterschap in gebruik omdat het waterschap Eemszijlvest in het nieuwe waterschappen Hunze en Aa's en Noorderzijlvest op is gegaan.