De vlag van Genemuiden werd op 1 april 1969 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de Overijsselse gemeente Genemuiden. Een opvallend gegeven is dat de gemeenteraad in principe al akkoord was met deze vlag in de zomer van 1962; de vlag wordt in dat jaar al door Sierksma beschreven. Op 1 januari 2001 ging de gemeente op in de nieuw opgerichte gemeente Zwartewaterland, waardoor de vlag als gemeentevlag kwam te vervallen. De vlag van de nieuwe gemeente vertoont een aantal overeenkomsten met de vlag van Genemuiden.