De vlag van Harlingen was vroeger de stadsvlag en is tegenwoordig de gemeentevlag van Harlingen in de Nederlandse provincie Friesland. Op 10 maart 1857 werd deze vlag gemeld als vlag die op zee door schepen met Harlingen als thuishaven werd gevoerd. De vlag kan als volgt worden omschreven:
Drie banen van blauw en geel, waarvan de hoogten zich verhouden als 1:6:1, met op het midden een blauwe cirkel ter breedte van de breedte van een blauwe baan, met daarbinnen de stukken van het gemeentewapen.