De vlag van Heer is op 25 augustus 1953 vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de voormalige Limburgse gemeente Heer. Sinds 1 juli 1970 is de vlag niet langer als gemeentevlag in gebruik omdat de gemeente Heer opging in de gemeente Maastricht. De vlag kan als volgt worden beschreven:
Twee banen van gelijke hoogte van rood en groen.
De kleuren zijn ontleend aan het gemeentewapen.