De vlag van Maarn is op een onbekende datum omstreeks 1992 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentevlag van de Utrechtse gemeente Maarn. De vlag kan als volgt worden beschreven:
Drie banen van gelijke lengte van rood en geel, met op het midden van de scheiding tussen de eerste en de tweede baan een zesspakig wiel ter hoogte van 4/5 van de vlaghoogte, van het een in het ander.
De kleuren van de vlag zijn ontleend aan het gemeentewapen, evenals de banen en het wiel.
Op 1 januari 2006 is Maarn opgegaan in de gemeente Utrechtse Heuvelrug. De vlag is daardoor als gemeentevlag komen te vervallen.