De vlag van Zevenhuizen-Moerkapelle is op 18 november 1991 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentevlag van de Zuid-Hollandse gemeente Zevenhuizen-Moerkapelle, op dat moment nog Moerhuizen genaamd. De vlag wordt als volgt beschreven:
Een gele broeking, waarop een rode kapel, waarvan de hoogte gelijk is aan ½ van de vlag, en een vlucht van drie banen, groen, geel en groen.
De vlag is gebaseerd op het gemeentewapen, dat zelf is gebaseerd op wapens van Zevenhuizen en Moerkapelle.
Op 1 januari 2010 is Zevenhuizen-Moerkapelle opgegaan in de gemeente Zuidplas. De vlag is hierdoor als gemeentevlag komen te vervallen.