Het wapen van Eemszijlvest werd op 31 oktober 1986 bij koninklijk besluit aan het waterschap Eemszijlvest verleend. In 2000 ging het waterschap grotendeels op in het waterschap Noorderzijlvest, de overige hectaren ging op in het waterschap Hunze en Aa's. Hiermee verviel het wapen.