Het wapen van Waverveen werd op 22 oktober 1817 door de Hoge Raad van Adel aan de toenmalige Noord-Hollandse gemeente Waverveen bevestigd. Op 1 januari 1819 ging de gemeente over naar de provincie Utrecht. In 1841 ging Waverveen op in de gemeente Vinkeveen en Waverveen. Het wapen van Waverveen is daardoor komen te vervallen als gemeentewapen. Het wapen is opgenomen in het wapen van Vinkeveen en Waverveen.