Het wapen van Wognum heeft drie verschijningen gekend, maar telkenmale ging het om een wapen met een boom; alle drie de wapens zijn zogenaamde Westfriese boomwapens. Wognum heeft in 1964 een tweede wapen gekregen, dat meer volgens de historische kleuren was, terwijl het eerste wapen in de rijkskleuren was. In 1980 kreeg de gemeente een nieuw wapen, vanwege de fusie in 1979 met omliggende gemeentes. Omdat de oude gemeente Wognum niet het grootste deel uitmaakte van de nieuwe gemeente, was een nieuw wapen nodig.
Sinds 2007 doet het oude gemeentewapen geen dienst meer, aangezien de gemeente Wognum toen grotendeels is opgegaan in de nieuwe gemeente Medemblik. De gemeente Medemblik voert het oude wapen van Medemblik zoals het al enkele honderden jaren in gebruik is.