Het FIM Wereldkampioenschap Supersport 1999 was het eerste seizoen van dit kampioenschap en telde elf wedstrijden. De eerste wedstrijd werd op 28 maart verreden op het Circuit Kyalami in Zuid-Afrika. De laatste wedstrijd werd op 12 september op de Hockenheimring Baden-Württemberg in Duitsland verreden. De Fransman Stéphane Chambon wist het kampioenschap te winnen met 153 punten.
Tijdens de race op Kyalami kwam de Zuid-Afrikaan Brett MacLeod op 23-jarige leeftijd om het leven bij een ongeluk.