Ein eksklusjonsdiagnose eller «diagnose per exclusionem» er ein diagnose som vert nådd gjennom ein eliminasjonsprosess, og kan mellom anna brukast i tilfeller der sikker stadfesting ikkje kan gjerast med eksaminasjon eller testing.[1][2] Slike eliminasjonar av ulike fornuftige moglegheitar er ein viktig komponent i differensialdiagnosar.
Den største kategorien av ekslusjonsdiagnosar finn ein blant psykiatriske lidingar, der fysisk eller organisk sjukdom må utelukkast før ein kan setje ein funksjonell diagnose. Eksklusjonsdiagnosar plar å førekome på områder der vitskapleg kunnskap er manglande, og særleg der objektive metodar for å stadfeste ein diagnose er fråverande. Når ein spesifikk diagnose ikkje kan stadfestast kan det vere nyttig å utelukke dei gruppene av kjente årsaker som kan føre til ein tilsvarande klinisk presentasjon.