Maltańska architektura baroku – forma architektury barokowej, która rozwinęła się na Malcie w wiekach XVII i XVIII, kiedy wyspy były rządzone przez Zakon św. Jana. Styl barokowy wprowadzony został na Maltę we wczesnym wieku XVII, prawdopodobnie przez inżyniera z Bolonii Bontadino de Bontadiniego w czasie, gdy budował on akwedukt Wignacourta. Styl stał się popularny w połowie wieku XVII, i osiągnął szczyt swojego rozkwitu w połowie XVIII wieku, kiedy stawiane były monumentalne barokowe budowle, takie jak Zajazd Kastylijski.
Styl barokowy zaczął być wypierany przez klasycyzm i inne style na początku XIX wieku, kiedy Malta była pod rządami brytyjskimi. Mimo tego elementy baroku wciąż miały wpływ na tradycyjną architekturę maltańską. W XIX i XX wieku wciąż budowano wiele kościołów w stylu barokowym; wiek XXI przyniósł tendencję zniżkową.