Wcześniej wśród eukariontów wydzielano 4 królestwa: protisty (Protista), rośliny (Plantae), grzyby (Fungi) i zwierzęta (Zoa), przy czym protisty stanowiły takson parafiletyczny wprowadzony najpóźniej. Dzielono je czasem na trzy grupy: pierwotniaki (Protozoa), protisty roślinopodobne i protisty grzybopodobne, których niektórzy przedstawiciele bywali przenoszeni z powrotem do odpowiednich królestw. Wszystkie te klasyfikacje nie uwzględniały jednak w pełni powiązań filogenetycznych w obrębie organizmów. Od kilku lat funkcjonuje podział organizmów na supergrupy, który jednak podlega modyfikacjom przy kolejnych badaniach.
Według jednego z wariantów wyróżniono sześć supergrup[1][2]: