Wielka zaraza miała miejsce w Londynie w latach 1665–1666. Zdaniem badaczy zmarło wtedy od 75 000 do 100 000 osób[1], około piątej części populacji miasta. Uważa się, że była to dżuma, wywołana przez bakterię Yersinia pestis, której roznosicielami były szczury[2]. Obecnie uważa się, że to wszy ludzkie były również nosicielami choroby[3].
Mimo tego, że jej zasięg był o wiele mniejszy niż zasięg czarnej śmierci, epidemii obejmującej zasięgiem całą Europę od 1347 do 1353, to jej przypisuje się określenie wielka, jako że była jedną z ostatnich tak powszechnych katastrof na tym kontynencie.
Uważa się, że bakterie te zostały przywiezione do Anglii na holenderskich statkach handlowych, które przywiozły do Londynu bawełnę[4]. W Niderlandach zaraza zaatakowała już w 1654 roku. Jako pierwsi objawy dżumy odkryli u siebie pracownicy doków, którzy mieli bezpośredni kontakt z ładunkiem. Pierwsze przypadki śmiertelne pojawiły się już zimą 1654/1655, jednak niskie temperatury pomogły w zapobieganiu rozprzestrzeniania się epidemii. Jednocześnie wiosna była ciepła i słoneczna, co umożliwiło szybki rozwój plagi. Nie istnieją źródła co do zachorowań najuboższych, pierwszą zarejestrowaną ofiarą śmiertelną była Margaret Porteous, która zmarła 12 kwietnia 1665.
W lipcu 1665 zaraza była już w Londynie. Król Karol II Stuart wraz z rodziną i dworem schronił się w Oksfordzie. Burmistrz i rajcy miejscy pozostali w mieście. Handel zamarł, bo uciekła większość bogatych kupców. Latem, gdy zaraza szalała, pozostali tylko nieliczni duchowni (w tym arcybiskup Canterbury i biskup Londynu), lekarze i aptekarze.
Podjęto kroki mające na celu zapobieżenie zarazie. Miasto zatrudniało lekarzy, organizowało pogrzeby. Władze nakazały palenie ognisk w dzień i w nocy, w nadziei, że oczyści to powietrze. Palono też substancje o silnych zapachach, jak np. pieprz, chmiel czy kadzidła. Władze namawiały też mieszkańców do palenia tytoniu.
Źródła dowodzą, że liczba zgonów w Londynie doszła do 1000 tygodniowo, potem do 2000 tygodniowo, a we wrześniu 1665 do 7000 tygodniowo. Późną jesienią zaczęła spadać, aż w lutym 1666 uznano, że król może już bezpiecznie wrócić do miasta. Do tego czasu jednak handel z kontynentem spowodował, że zaraza dotarła do Francji.
Do września 1666 pojawiały się jeszcze nowe przypadki. 2 września wybuchł wielki pożar Londynu, który zniszczył 2/3 powierzchni miasta. W tym samym czasie zaraza wygasła.