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Franz Carl Mertens (Bielefeld, 3 de abril de 1764 - Bremen, 19 de junho de 1831) foi um botânico alemão.
Seu pai, Clamor Mertens, era de origem nobre porém pobre. Mertens estudou teologia e línguas na Universidade de Halle, obtendo um posto na escola politécnica de Bremen. Dedicou todo o seu tempo livre ao estudo da botânica. Graças a um amigo comum, encontra o botânico Albrecht Wilhelm Roth (1757-1834) em Oldenburg. Os dois viajam juntos, com Mertens se dedicando ao estudo das algas.