Stand Alone Complex tem duas partes, 1st GIG (tradução: primeiro trabalho) e 2nd GIG (tradução: segundo trabalho), cada uma delas tendo 26 episódios de 25 minutos cada.
A primeira parte é sobre uma corrupção relacionada a empresas envolvidas com trabalhos e pesquisas médicas, onde uma entidade chamada Laughing Man (tradução: Homem Risonho), com habilidades sobre-humanas de conhecimentos de informática.
Na segunda parte, é retratado um ideal que move grupos de pessoas (em geral onze), a cometerem atos terroristas.
Mesmo a trama envolvendo vários agentes, o fenômeno Stand Alone Complex (tradução: Complexo de estar ou agir sozinho), acontece quando pessoas, normalmente sozinhas ou em grupos pequenos, agem ao serem defrontadas com situações anormais ou de extrema importância.
Por outro lado, Stand Alone Complex, poderia significar "complexo auto-suficiente" uma vez que a palavra stand também possui o sentido de "manter" e usando "complex" como substantivo, com o sentido união ou cadeias de várias coisas. Isto é devido a, no contexto da série, sugerir essa ideia, principalmente no que se refere o Homem Risonho (Laughing Man), que tem grande importância na história. Dessa forma, Stand Alone Complex se referiria a um fenômeno em que alguns ou vários indivíduos sem ligação ou conhecimento entre si compartilharem ideias ou ideais que ganham sentido quando unidas criando um (complexo) que cresce cada vez mais, surgindo assim a ideia de uma organização centralizada mas que na verdade so existe por que várias pessoas crêem e contribuem com ela. O complexo somente ganha sentido a partir da união de vários indivíduos, não de um só. Para exemplificar, outro tipo de complexo auto suficiente que na Ciência recebe outro nome é o que ocorre com aqueles cardumes de pequenos peixes no mar: para se protegerem, todos se unem para que aparentem ser um so indivíduo, no entanto eles não compartilham nenhuma coreografia.
