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 | Este artigo não cita fontes confiáveis. (Janeiro de 2023) |
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| Dados | ||||
| Participantes | 8 | |||
| Gol(o)s | 318 | |||
| Média | gol(o)s por partida | |||
| Campeão |  FC Levadia
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| Vice-campeão |  Viljandi Tulevik
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| Melhor marcador |  Toomas Krõm (Levadia Maardu) - 19 gols | |||
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Meistriliiga 1999 foi a 9ª edição da Meistriliiga. O campeão foi o FC Levadia.