Clima Japoniei se caracterizează printr-o largă diversitate de climate, schimbări dramatice de vreme, și anotimpuri bine definite, toate acestea datorându-se faptului că Japonia se întinde peste mai multe zone climatice de la nord la sud și este influențată atmosferic de continentul Euroasiatic la vest și de Oceanul Pacific la est.
Cu toate că suprafața țării nu este prea mare (377.000 km²), arhipelagul se întinde de la 20ºN în partea cea mai sudică a țării, Insula Okinotorishima) până la 45°30’N în partea cea mai nordică a insulei Hokkaidō.
Hokkaidō se află în zona subarctică, Japonia centrală (Honshū, Shikoku, Kyūshū) în zona temperată, iar insulele din sud în zona subtropicală.
O a doua mare influență asupra climatului Japoniei o are faptul că arhipelagul nipon este situat zona temperată musonică a Asiei de sud-est. Musonii bat înspre est dinspre continent în timpul iernii, și înspre nord dinspre Oceanul Pacific în timpul verii. Anotimpurile Japoniei sunt în mare măsură determinate de aceste vânturi. Japonia are de asemenea un lanț de munți care se află în centrul insulei principale Honshū. Regiunile care se află sub vânt, dincolo de munți, sunt protejate de impactul vânturilor musonice, rezultând în multă zăpadă, adusă de vânturile de iarnă, care cad pe partea dinspre Marea Japoniei, care dă spre nord-vest, dar nu pe partea dinspre Oceanul Pacific.