Dizajn proteina je proces formiranja novih proteina, bilo de novo ili putem pravljenja proračunatih varijacija poznatih struktura. Upotreba tehnika racionalnog dizajna je glavni aspekt proteinskog inženjerstva.
Dizajn računarskih modela proteina, i sekundarne strukturne modifikacije realnih proteina su počeli sredinom 1990-tih. De novo dizajn realnih proteina je postao moguć uskoro nakon toga, i u 21. veku je to postalo produktivno naučno polje.