Inkubacija ili inkubacioni period u medicini označava vrijeme od trenutka kada je organizam izložen patogenim klicama, kemijskim agensima ili radijaciji pa do trenutka nastupanja simptoma.
Neke osobe mogu biti kliconoše, odnosno sve vrijeme biti inficinirane a da same ne razviju simptome infektivne bolesti.
Periodi inkubacije često variraju s obzirom na bolest, odnosno na bolesnika, s time da je inkubacija obično duža kod odraslih nego kod djece.