Podzemna fauna su životinje koje su prilagođene za život u podzemlju. S obzirom na evolucijsku povijest života, razlikuju se dvije skupine podzemne faune: troglofauna i stigofauna. Obje skupine povezane su s podzemnim sredinama: troglofauna s pećinama i prostorima iznad razine vode, a stigofauna pak s podzemnim vodama ili vodonosnicima.
Životinje iz podzemne faune razvile su mnoge prilagodbe (adaptacije) na podzemni okoliš: pojačani osjećaj sluha, dodira i mirisa; gubitak slabo korištenih ili nepotrebnih osjetila kao što su nedostatak pigmentacije i gubitak vida kod većine vrsta podzemne faune.