Protein metode su tehnike koje se koriste za studiranje proteina.
Postoji niz eksperimentalnih metoda za studiranje proteina, npr. za detektovanje proteina, za izolovanje i prečišćavanje proteina i druge metode za karakterisanje strukture i funkcije proteina. Za primenu ovih metoda često je neophodno da se prvo prečisti protein. Računarske metode tipično koriste kompjuterske programe za analizu proteina. Mnoge eksperimentalne metode koriste kompjutersku analizu obradu sirovih podataka (npr. masena spektrometrija).
Eksperimentalna analiza proteina tipično počinje izražavanjem i prečišćavanjem proteina. Izražavanje se ostvaruje manipulusanjem DNK koja kodira protein(e) od interesa. Iz tog razloga za proteinska analizu su obično neophodne DNK metode, posebno kloniranje. Drugi primeri su