Aktivno mesto oz. aktivni center encima je posebno področje na encimski molekuli, kjer se molekula substrata, ki je običajno manjša od molekule encima, veže. Natančneje je to vdolbina v tridimenzionalni strukturi encima, kjer poteka kataliza.
Vsaka encimska molekula ima le majhno število aktivnih mest, navadno ne več kot eno na vsako podenoto. Zaradi tega morajo nekatere molekule substrata v primeru večje količine počakati, da pridejo na vrsto za vezavo v aktivno mesto in pretvorbo v produkt. Posledica takega primera je tudi učinek nasičenosti, kar jasno izraža Michaelis-Mentenova krivulja: namreč, omejeno število aktivnih mest lahko katalizira substrat z omejeno največjo hitrostjo (Vmax), zato povečanje koncentracije substrata ne vpliva več na hitrost reakcije.