Kidonija (starogrško Κυδωνία; latinsko Cydonia) je bila starodavna mestna država na severozahodni obali otoka Kreta. Nahaja se na mestu sodobnega grškega mesta Hanija. Po legendi je Kidonijo ustanovil kralj Kidon (Κύδων), sin Hermesa[1] ali Apolona[2] in Akakalis, hčerke kralja Minosa. Po Pavzaniju[3] je bil sin kralja Tegeata.
Diodor Siculus omenja, da je mesto ustanovil kralj Minos.[4] Uredniki Barringtonovega atlasa grškega in rimskega sveta predlagajo, da je mesto nosilo tudi ime Apolonija (starogrško Ἀπολλωνία).