Mutagen (dobesedno sprememba izvora) je fizični ali kemični dejavnik, ki spreminja genetski material, po navadi DNK, organizma in s tem poveča pogostost mutacij naravnega sistema. Ker veliko mutacji povzroča raka, so mutagene snovi po navadi tudi rakotvorne. Mutageni pa ne povzročajo vseh mutacij. Pojavijo se tako imenovane spontane mutacije zaradi napak v DNK replikaciji, popravilu in rekombinaciji.