Sekundarni metaboliti ali drugotni presnovki so organske spojine, ki niso neposredno povezane z normalno celično rastjo, razvojem ali razmnoževanjem danega organizma.[1] Nastajajo torej, ko celica doseže stacionarno fazo rasti. V nasprotju s primarnimi metaboliti odsotnost sekundarnih presnovkov ne vodi v takojšnjo smrt; v ugodnih razmerah njihova odsotnost nima vpliva na obstoj organizma, v neugodnih pa se sčasoma pokažejo zmanjšana možnost preživetja, manjša plodnost ali spremenjen videz. Istovrstni sekundarni presnovki so pogosto omejeni na manjšo skupino vrst znotraj filogenetske skupine in so zato lahko prepoznavni znak pri umeščanju v taksonomski sistem.[2] V naravi imajo pogosto pomembno funkcijo obrambe pred konkurenčnimi organizmi[3] ali škodljivci, npr. pri rastlinski obrambi pred rastlinojedci,[4] ali pri prilagajanju na neugodne razmere v okolju. Ljudje te snovi pogosti uporabljamo v medicini (zdravila), prehrani (aditivi, npr. dišave in barvila) ter kot poživila (droge).