Në biologji, taksonomia (nga greqishtja e lashtë τάξις (taxis) 'rregullim', dhe -νομία (-nomia) 'metodë') është studimi shkencor i emërtimit, përcaktimit (rrethimit) dhe klasifikimit të grupeve të organizmave biologjikë bazuar në karakteristikat e përbashkëta. Organizmat grupohen në taksa (njëjës: takson) dhe këtyre grupeve u jepet një renditje taksonomike; grupet e një rangu të caktuar mund të grumbullohen për të formuar një grup më gjithëpërfshirës të rangut më të lartë, duke krijuar kështu një hierarki taksonomike. Radhët kryesore në përdorimin modern janë domeni, mbretëria, filumi (ndarja përdoret ndonjëherë në botanikë në vend të filumit), klasa, rendi, familja, gjinia dhe llojet. Botanisti suedez Karl Lineu konsiderohet si themeluesi i sistemit aktual të taksonomisë, pasi ai zhvilloi një sistem të renditur të njohur si taksonomia Linean për kategorizimin e organizmave dhe nomenklaturë binomiale për emërtimin e organizmave.
Me përparimet në teorinë, të dhënat dhe teknologjinë analitike të sistematikës biologjike, sistemi Linnaean është shndërruar në një sistem të klasifikimit biologjik modern që synon të pasqyrojë marrëdhëniet evolucionare midis organizmave, të gjallë dhe të zhdukur.