Struktura 42 KDa fragmenta N-terminalne ATPaze DNK giraze koja je homologna sa svim drugim tipovima IIA topoizomeraza.
Tip II topoizomeraze presecaju oba lanca DNK heliksa simultano radi upravljanja zamršenjem DNK i supernamotavanjima.[1][2] One koriste hidrolizu ATP-a, za razliku od tip I topoizomeraza. U tom procesu, ovi enzimi menjanju koeficijent povezivanja cirkularne DNK za +/-2.