Cirksena är den släkt som från mitten på 1400-talet fram till år 1744 regerade det historiska landskapet Ostfriesland i den nuvarande delstaten Niedersachsen i Tyskland.
Släkten härstammar från en ostfrisisk hövdingfamilj från Greetsiel vid Nordsjökusten. År 1439 kom släkten till makten i den ostfriesiska staden Emden som de styrde fram till 1595. Ulrich Cirksena (död 1466) blev av kejsar Fredrik III utnämnd till riksgreve av Ostfriesland. Edzard I (1462-1528) var den mest betydande av de ostfriesiska grevarna. Under hans tid hade Ostfriesland sin största utbredning och reformationen inleddes.
År 1654 upphöjdes grevarna till furstar av Ostfriesland. I maj 1744 dog den siste fursten av huset Cirksena, Carl Edzard, utan ättlingar. Omedelbart efter detta erövrades Ostfriesland av Preussens kung Fredrik den store.
Åren 1581-1698 var familjen Cirksena även härskare över grevskapet Rietberg i Westfalen.