Fladdermusvirus är de virus som har fladdermöss som huvudsakliga värdar. Hit hör många coronavirus, hantavirus, lyssavirus, rabiesvirus, nipahvirus, lassavirus, henipavirus, ebolavirus och marburgvirus. Bland de som klassas som nya virus – primärt då ur människans synvinkel – är många fladdermusvirus.
Det antas att coronaviruset sars-cov-2, som orsakat covid-19-pandemin, härrör från fladdermus, eftersom dess arvsmassa till 96 procent är identiskt med ett fladdermusvirus.[1]