Konflikttesen (engelska: conflict thesis) är en teoretisk utgångspunkt om att det måste föreligga en inneboende intellektuell motsättning mellan religion och vetenskap.
Det ursprungliga historiska bruket av termen betecknade att den historiska vittnesbörden visar på religioners ständiga opposition mot vetenskap. Senare bruk av begreppet står för religioners epistemologiska motsättning till vetenskap.
Konflikttesen som en tolkning av förhållandet mellan vetenskap och religion är enligt vissa forskare en populär uppfattning bland vanligt folk[1] och har nyligen uppmärksammats genom Richard Dawkins framgång med sin bok Illusionen om Gud och andra böcker av författare som Sam Harris, Daniel Dennett och Christopher Hitchens, vilka sätts i samband med nyateismen.