Naturhistoriska museet kan syfta på:
- Naturhistoriska riksmuseet – ett biologiskt och geologiskt museum i Stockholm
- Naturhistoriska museet, Helsingfors – ett museum i Främre Tölö i Helsingfors
- Göteborgs Naturhistoriska museum – ett naturhistoriskt museum i Göteborg
- Muséum national d'histoire naturelle – Frankrikes naturhistoriska riksmuseum
- Naturhistoriska riksmuseet, Bagdad – ett irakiskt naturhistoriskt museum i Bagdad