Samuel Cooper, född 12 juni 1798, död 3 december 1876, var sydstatsarméns generaladjutant under det amerikanska inbördeskriget. Cooper var högst i rang av alla sydstatsgeneraler och en av de få sydstatsgeneraler som var födda i nordstaterna. Han var en ovärderlig medarbetare till president Jefferson Davis, men hade inget inflytande över sydstaternas försvarspolitik.