Uppkomsten av Stockholm som boplats och senare som stad hänger intimt samman med isoleringen av Mälaren från Östersjön, som har pågått sedan senaste istiden. Fornlämningar visar att Stockholmstrakten varit bebodd sedan stenåldern. De äldsta stenåldersfynden i området är från 6000 år f.Kr. och många spår efter mänsklig aktivitet finns även från brons- och järnåldern.
Bebyggelse började på den så kallade Holmen, nu Stadsholmen, jämte några mindre öar belägna i gattet mellan Mälaren och Saltsjön. Genom landhöjningen hade dessa på 900-talet blivit tillräckligt stora för att kunna tas i anspråk för ett fiskeläge med permanent bosättning. Enligt Snorre Sturlasson kallades fiskeläget för Agnefit.
Det äldsta angivna årtalet för stadens grundande i medeltida källor är 1187 och det återfinns i Visbykrönikan.[1] Enligt denna notering grundades Stockholm till följd av Härjningen av Sigtuna 1187 som ersättning för den nedbrunna handelsplatsen. Det äldsta bevarade samtida skriftliga dokumentet som nämner namnet Stockholm är Birger jarls skyddsbrev för Fogdö kloster 1252 och traditionellt anses därför Birger jarl vara stadens grundare.[1] Man lät uppföra en borg runt holmen för att skydda Stockholm och andra betydande städer längre in i Mälaren som Sigtuna mot angrepp från fientliga krigsflottor. Staden blev ett svårforcerat hinder sjövägen för fiender in till Mälaren och Sveriges centrala delar.[2]
Genom Riksrådets privilegiebrev 1436 fick Stockholm stadsprivilegier, vilket brukar användas som referens för starten av Stockholms roll som huvudstad. 1471 utkämpades slaget vid Brunkeberg mellan svenska nationalister under riksföreståndaren Sten Sture den äldre och Kalmarunionens kung Kristian I. 1520 intogs Stockholm av den danske unionskungen Kristian II. Större delen av adeln och riksråden hade den 6 mars samma år hyllat Kristian II som svensk kung vid Uppsala dagtingan. Stockholms blodbad i november 1520 ledde till Gustav Vasas befrielsekrig där en belägring av Stockholm 1521–1523 kulminerade med Gustav Vasas intåg, varmed en stark svensk stat successivt etablerades med centrum i Stockholm.
Under stormaktstiden inleddes den första organiserade stadsplaneringen under överståthållaren Clas Larsson Flemings befäl varmed staden expanderade ut på nuvarande Norrmalm och Södermalm. Det gamla Slottet Tre Kronor totalförstördes i slottsbranden 1697, därefter uppfördes Stockholms slott på samma plats. I augusti 1719 hotades Stockholm av en rysk galärflotta som dock besegrades av numerärt underlägsna svenska styrkor i slaget vid stäket. I mitten av 1700-talet och den så kallade frihetstiden hade befolkningen ökat till drygt 60 000 invånare[3] och Stockholm hade utvecklats till landets ledande industristad. Under Gustav III:s regeringstid 1771–1792 upplevde staden ett kulturellt uppsving, bland annat grundades Konstakademien och Kungliga Operan.
Första hälften av 1800-talet medförde en period av stagnation då trångboddhet, fattigdom, svält, bristande hygieniska förhållanden och grasserande sjukdomar var stora problem. År 1850 hade Stockholm 93 000 invånare. Industrialiseringen från 1860- och 1870-talen kom att bli en av stadens mest expansiva perioder. På 35 år kom befolkningen att öka till 216 000 invånare. En ny stadsplan togs fram under ledning av stadsplaneraren och politikern Albert Lindhagen och mot slutet av 1800-talet byggdes staden snabbt ut på malmarna med en regelbunden stenstad. De första järnvägarna, gasverken, vattenverken och elektricitetsverken införlivades i stadsmiljön.
Åren kring sekelskiftet 1900 hyste bland annat den stora Stockholmsutställningen 1897 och de Olympiska spelen 1912. Sverige och Stockholm blev lyckligtvis förskonade från de två världskrigen under 1900-talet, även om ryskt flyg 1944 bombade staden. När freden kom i maj 1945, påbörjades ett av stadens och landets största stadsomdaningsprojekt; Norrmalmsregleringen, som skulle omvandla nedre Norrmalm till en ny stadsdel och där skapa det nuvarande Stockholms city. Längs de nya tunnelbanelinjerna växte nya förorter upp långt utanför tullarna.